2012. december 9-én vasárnap hajnalban életbe lép a 2012/2013. évi vasúti menetrend.
A Gyermekvasút menetrendje az új menetrendi évben alapvetően nem változik. Az utazási idényekhez igazodva kisebb módosítások azonban lesznek.
A munkanapi és téli hétvégi menetrend nem változik. A vonatok továbbra is 60 percenként közlekednek a már évek óta megszokott üzemidőben.
A nyári menetrendi időszak 2013. március 15. péntektől november 3. vasárnapig tart. A személyvonatok szombaton, vasárnap és ünnepnapokon a vonatok átlagosan 45 percenként közlekednek.
Tekintettel a tavaszi tanulmányi kirándulásra érkező gyermekcsoportokra, az iskolai tanév utolsó öt hetében – május 13. hétfőtől június 14. péntekig – a vonatok munkanapokon nem a szokásos munkanapi, hanem a nyári hétvégi menetrend egy rövidített változata szerint közlekednek.
Az utazási igények az elmúlt években sokat változtak. Például a legtöbb utas már nem nyáron vasárnaponként, hanem a tavaszi és őszi hétvégéken utazik a Gyermekvasúton.
Sikeres volt a 2012-ben indított kísérlet, miszerint a nosztalgia motorvonati szerelvény nem nyári vasárnapokon, hanem a tavaszi és őszi hónapokban hétvégenként mentesítő vonatként közlekedik. 2013-ban a nosztalgia motorvonatok március 13-tól június 16-ig, valamint augusztus 17-től november 3-ig szombaton, vasárnap és ünnepnapokon közlekednek.
Szintén az előző évek utasforgalmi igényeihez igazodva, valamint a nyári hónapokban szinte állandó tűzgyújtási tilalom miatt a gőzvontatású nosztalgiavonatok is csak a tanév végéig, azaz június 16-ig, majd a nyári szünet végétől, augusztus 17-től közlekednek. Az év többi részében az eddig megszokottak szerint minden hétvégén és ünnepnap közlekednek.
Néhány különösen forgalmasnak ígérkező tavaszi hétvégi napon, valamint augusztus 20-án kora este mindkét irányban a szokásosnál eggyel több vonat közlekedik majd. A menetrendben meghirdetett napokon az utolsó vonat Hűvösvölgy állomásról 18:25-kor, Széchenyi-hegy állomásról 19:30-kor indul majd.